COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 2.984036 2.984036 2.559346
2020-09-12 17:00:00 2.654194 2.654194 2.531788
2020-09-11 17:00:00 2.630979 2.630979 2.479647
2020-09-10 17:00:00 2.763980 2.763980 2.445381
2020-09-09 17:00:00 2.274530 2.274530 2.400590
2020-09-08 17:00:00 2.364842 2.364842 2.378140
2020-09-07 17:00:00 2.722158 1.915116 2.388739

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 2.850539 1.117103 1.261143
2020-09-12 17:00:00 1.148225 1.148225 1.283697
2020-09-11 17:00:00 3.089144 1.279788 1.370361
2020-09-10 17:00:00 1.264368 1.264368 1.457356
2020-09-09 17:00:00 0.497018 0.497018 1.546374
2020-09-08 17:00:00 2.397260 1.444788 1.562202
2020-09-07 17:00:00 2.475248 1.556824 1.561987

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 0.833333 0.833333 1.158352
2020-09-12 17:00:00 0.606796 0.606796 1.158937
2020-09-11 17:00:00 1.957586 1.957586 1.159878
2020-09-10 17:00:00 0.903614 0.903614 1.145490
2020-09-09 17:00:00 2.055800 2.055800 1.109340
2020-09-08 17:00:00 1.054018 1.054018 1.068848
2020-09-07 17:00:00 1.388889 0.159617 1.009330

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 1.064639 1.064639 1.167744
2020-09-12 17:00:00 1.176471 1.176471 1.179595
2020-09-11 17:00:00 0.509879 1.115360 1.183691
2020-09-10 17:00:00 0.573477 1.218638 1.169447
2020-09-09 17:00:00 1.285521 1.285521 1.205321
2020-09-08 17:00:00 0.684932 0.684932 1.225885
2020-09-07 17:00:00 2.741935 1.135984 1.225166

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 3.276047 3.276047 3.056519
2020-09-12 17:00:00 2.118906 2.118906 3.027455
2020-09-11 17:00:00 2.076843 2.076843 3.070938
2020-09-10 17:00:00 2.988048 2.988048 3.130696
2020-09-09 17:00:00 3.420964 3.420964 3.132944
2020-09-08 17:00:00 4.373024 4.373024 3.100423
2020-09-07 17:00:00 5.969332 5.969332 3.140227

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 3.182020 3.182020 2.619162
2020-09-12 17:00:00 2.806589 2.806589 2.593983
2020-09-11 17:00:00 3.141145 3.141145 2.554285
2020-09-10 17:00:00 2.288330 2.288330 2.495148
2020-09-09 17:00:00 2.125193 2.125193 2.449414
2020-09-08 17:00:00 2.274377 1.887929 2.402497
2020-09-07 17:00:00 2.690035 2.690035 2.396635

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 4.554656 4.554656 3.623449
2020-09-12 17:00:00 4.529617 4.529617 3.440481
2020-09-11 17:00:00 3.195489 3.195489 3.325645
2020-09-10 17:00:00 4.401806 4.401806 3.196591
2020-09-09 17:00:00 3.882099 3.882099 3.018102
2020-09-08 17:00:00 2.097902 1.214575 2.846172
2020-09-07 17:00:00 1.646707 1.646707 2.778374

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 1.728932 1.728932 1.708824
2020-09-12 17:00:00 1.755777 1.755777 1.701775
2020-09-11 17:00:00 1.473077 1.473077 1.695874
2020-09-10 17:00:00 1.873779 1.873779 1.676665
2020-09-09 17:00:00 2.067580 2.067580 1.659312
2020-09-08 17:00:00 1.439732 1.439732 1.640018
2020-09-07 17:00:00 1.750138 1.750138 1.610964

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 10.143043 5.743741 6.228973
2020-09-12 17:00:00 7.865169 7.865169 6.007971
2020-09-11 17:00:00 5.470314 5.470314 5.899803
2020-09-10 17:00:00 8.056537 8.056537 5.621375
2020-09-09 17:00:00 3.920061 3.920061 5.438590
2020-09-08 17:00:00 4.298187 4.298187 5.216978
2020-09-07 17:00:00 13.915094 4.602184 5.041014

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 3.152510 3.152510 2.342369
2020-09-12 17:00:00 2.662575 2.662575 2.250734
2020-09-11 17:00:00 2.246111 2.246111 2.214455
2020-09-10 17:00:00 2.160494 2.160494 2.198239
2020-09-09 17:00:00 1.533591 1.533591 2.163990
2020-09-08 17:00:00 2.010833 2.010833 2.138198
2020-09-07 17:00:00 1.613620 3.604737 2.110294

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 4.229935 4.835710 3.203073
2020-09-12 17:00:00 3.529412 3.529412 3.033663
2020-09-11 17:00:00 5.086849 5.086849 2.903659
2020-09-10 17:00:00 4.854369 2.548544 2.752413
2020-09-09 17:00:00 2.294686 2.294686 2.609796
2020-09-08 17:00:00 2.008032 2.008032 2.459280
2020-09-07 17:00:00 1.724138 0.735745 2.278826

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 0.903614 0.903614 1.175770
2020-09-12 17:00:00 1.282051 1.282051 1.127228
2020-09-11 17:00:00 1.041667 1.041667 1.169140
2020-09-10 17:00:00 0.655022 0.655022 1.155403
2020-09-09 17:00:00 0.917431 0.917431 1.109562
2020-09-08 17:00:00 1.948052 1.948052 1.120088
2020-09-07 17:00:00 5.142857 5.142857 1.076892

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 5.141388 5.141388 3.397494
2020-09-12 17:00:00 3.205128 3.205128 3.287814
2020-09-11 17:00:00 4.718693 4.718693 3.165220
2020-09-10 17:00:00 3.412969 3.412969 2.968695
2020-09-09 17:00:00 2.087683 2.087683 2.797856
2020-09-08 17:00:00 0.921659 0.921659 2.711664
2020-09-07 17:00:00 0.000000 0.000000 2.599166

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 1.855670 1.855670 3.536030
2020-09-12 17:00:00 3.308271 3.308271 3.988623
2020-09-11 17:00:00 4.700162 4.700162 4.154638
2020-09-10 17:00:00 12.330827 3.458647 4.211516
2020-09-09 17:00:00 1.886792 1.886792 4.510036
2020-09-08 17:00:00 1.287554 1.287554 4.534017
2020-09-07 17:00:00 8.673469 8.673469 4.655550

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 2.871148 2.871148 3.093006
2020-09-12 17:00:00 5.201342 5.201342 3.022482
2020-09-11 17:00:00 3.149171 3.149171 2.973294
2020-09-10 17:00:00 3.828246 3.828246 2.919926
2020-09-09 17:00:00 4.037491 2.523432 2.862496
2020-09-08 17:00:00 1.838074 1.838074 2.784045
2020-09-07 17:00:00 2.517007 2.517007 2.684707

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 4.852071 4.852071 2.743935
2020-09-12 17:00:00 1.952724 1.952724 2.661320
2020-09-11 17:00:00 2.942232 2.942232 2.618629
2020-09-10 17:00:00 2.973662 2.973662 2.603244
2020-09-09 17:00:00 2.717848 2.717848 2.573086
2020-09-08 17:00:00 4.741379 2.519894 2.510914
2020-09-07 17:00:00 2.718078 1.577692 2.458132

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 3.510638 3.510638 3.679273
2020-09-12 17:00:00 3.377483 3.377483 3.646092
2020-09-11 17:00:00 3.387181 3.387181 3.645315
2020-09-10 17:00:00 3.839122 3.839122 3.577845
2020-09-09 17:00:00 4.148279 4.148279 3.594702
2020-09-08 17:00:00 4.018913 4.018913 3.558808
2020-09-07 17:00:00 5.640535 5.640535 3.660143

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 2.862506 2.862506 2.940281
2020-09-12 17:00:00 1.775626 1.775626 2.960291
2020-09-11 17:00:00 4.193548 4.193548 2.974223
2020-09-10 17:00:00 3.887055 3.887055 2.944182
2020-09-09 17:00:00 2.495948 2.495948 2.929654
2020-09-08 17:00:00 2.579060 2.579060 2.842942
2020-09-07 17:00:00 3.616236 3.616236 2.807688

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 1.944860 1.944860 2.011652
2020-09-12 17:00:00 3.055802 3.055802 1.979291
2020-09-11 17:00:00 2.937063 1.908092 1.946876
2020-09-10 17:00:00 1.840736 1.840736 1.923411
2020-09-09 17:00:00 1.627219 1.627219 1.877887
2020-09-08 17:00:00 1.401425 1.401425 1.836803
2020-09-07 17:00:00 1.743947 1.743947 1.822920

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 3.256445 3.256445 2.579045
2020-09-12 17:00:00 3.303303 3.303303 2.494417
2020-09-11 17:00:00 2.579666 2.579666 2.524361
2020-09-10 17:00:00 2.287893 2.287893 2.439697
2020-09-09 17:00:00 3.518124 3.518124 2.432235
2020-09-08 17:00:00 0.699301 0.699301 2.342871
2020-09-07 17:00:00 3.282828 1.448468 2.257495

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 1.739130 1.739130 2.017080
2020-09-12 17:00:00 1.785714 1.785714 1.908205
2020-09-11 17:00:00 8.333333 8.333333 1.957822
2020-09-10 17:00:00 0.000000 0.000000 2.105950
2020-09-09 17:00:00 0.000000 0.000000 2.135390
2020-09-08 17:00:00 6.493506 6.493506 2.035755
2020-09-07 17:00:00 0.000000 0.000000 2.476829

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-13 17:00:00 3.977591 3.977591 3.195017
2020-09-12 17:00:00 3.024326 3.024326 3.219586
2020-09-11 17:00:00 3.191293 3.191293 3.098148
2020-09-10 17:00:00 3.366926 3.366926 3.039737
2020-09-09 17:00:00 2.109900 2.109900 2.943922
2020-09-08 17:00:00 2.379334 2.379334 2.902798
2020-09-07 17:00:00 3.441397 3.441397 2.842750

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.850539 1.117103 1.261143
Basilicata 0.833333 0.833333 1.158352
Calabria 1.064639 1.064639 1.167744
Campania 3.276047 3.276047 3.056519
Emilia-Romagna 3.182020 3.182020 2.619162
Friuli Venezia Giulia 4.554656 4.554656 3.623449
Lazio 1.728932 1.728932 1.708824
Liguria 10.143043 5.743741 6.228973
Lombardia 3.152510 3.152510 2.342369
Marche 4.229935 4.835710 3.203073
Molise 0.903614 0.903614 1.175770
P.A. Bolzano 5.141388 5.141388 3.397494
P.A. Trento 1.855670 1.855670 3.536030
Piemonte 2.871148 2.871148 3.093006
Puglia 4.852071 4.852071 2.743935
Sardegna 3.510638 3.510638 3.679273
Sicilia 2.862506 2.862506 2.940281
Toscana 1.944860 1.944860 2.011652
Umbria 3.256445 3.256445 2.579045
Valle d'Aosta 1.739130 1.739130 2.017080
Veneto 3.977591 3.977591 3.195017
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Sun Sep 13 17:54:08 2020 revision 17, 42f3c51